Terdapat beberapa perubahan yang dibuat dalam corak permainan biasa Metal Gear Solid. Gerakan dilakukan pada stick analog; tindakan seperti co-op menggunakan pad-arah, aksi jarak dekat, yang meliputi pelbagai balingan ke dalam musuh, gunakan butang R, dan senjata menggunakan kekunci L dengan butang R. Pemain tidak akan dapat bergerak atau menembak sambil berbaring dan sementara melekat di dinding. Pemain boleh menetapkan sistem kawalan yang sesuai seperti permainan Portable Ops,Guns of Patriots, atau Monster Hunter.

Sistem Rakan daripada Portable Ops telah dihapuskan bagi menyokong corak permainan koperasi, dengan dua pemain dalam misi utama dan empat pemain dalam misi bos, yang disebut Co-Ops. Pemain boleh memilih satu dari berbagai karekter yang berbeza-termasuk corak yang pelbagai.